Das Wissenschaftliche Sekretariat unterstützt in erster Linie den Expertenrat in organisatorischen und fachlichen Belangen. Es bereitet für den Expertenrat die Evaluation der Assessment-Berichte vor und erstellt die Appraisal-Berichte. 

Das Wissenschaftliche Sekretariat unterstützt die Gremien des SMB bei Methodik-Entwicklung, Horizon-Screening, Pre-Scoping und Machbarkeitsanalysen.